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在品种研发与提纯方面，安庆桐城睡莲种苗基地投入大量资源开展品种研发工作，拥有专业的育种实验室，配备先进的育种设备，如组培苗培育设备、安庆桐城基因检测设备等。育种团队通过杂交育种、安庆桐城诱变育种、安庆桐城附近组培快繁等技术手段，培育具有优良性状的新品种，例如培育出抗病虫害能力强、安庆桐城当地耐污染、安庆桐城附近观赏价值高的安庆桐城睡莲品种；同时，对现有品种进行提纯复壮，通过多代筛选，去除变异株、安庆桐城本地劣株，确保品种纯度不低于 95％，避免品种退化，维持种苗的优良遗传特性。此外，基地还会对培育出的新品种进行田间试验，观察其在不同气候、安庆桐城本地土壤、安庆桐城附近水质条件下的生长表现，筛选出适应性强的品种进行规模化繁殖

品种选择是安庆桐城睡莲种植成功的基础，需结合气候条件、安庆桐城种植目的及水域环境综合考量。从气候适应性来看，我国北方地区冬季寒冷，应选择耐寒性较强的品种，如 “耐寒白”“北方粉” 等，这类品种能在水温 0-5℃的环境中越冬；南方地区气候温暖，可选择耐热性好、安庆桐城当地花期长的品种，如 “热带红”“四季粉” 等，全年可开花 2-3 次。从种植目的来看，以观赏为目的可选择重瓣品种、安庆桐城特色花色品种，如花瓣层次丰富的 “牡丹莲”、安庆桐城本地花色渐变的 “落日橙”，观赏价值极高；以生态修复为目的可选择根系发达、安庆桐城当地吸附能力强的品种，如 “大叶绿”“宽叶紫”，其根系能快速吸收水中的氮、安庆桐城附近磷等营养物质，抑制藻类生长；以经济产出为目的（如鲜切花销售）可选择花茎修长、安庆桐城本地瓶插期长的品种，如 “长茎白”“高杆粉”，满足市场对鲜切花的需求。